Groupe ICV

This manuscript (word file), presents results obtained while developing microsatellite markers for the parasite <em>T. lewisi</em> and the first population genetics data analysis for this species. This parasite is found mainly in rodents (rats) and is transmitted by fleas. To this respect, it shares the same cycle as other human pathogens (plague, murine typhus) The first results suggest that the subpopulation unit for these parasite populations may be found at very small scales, neighborhoods of cities, and probably even at lower scales (e.g. homes). Data also suggest an operational life cycle (generation time) of 1-2 months, as for other trypanosome species. The excel file contains all raw data and primer sequences. This paper was evaluated through Peer Community In Infectious Diseases and this is the new version after taking into account Referees' comments. Thewordfile contains the flast version of the paper. The Excel file contains all data and primers information These results, even if they need being refined, but already shed some light on the ecology of this host-parasite-vector system, together with the ecology of other pathogenic agents sharing the same cycle.

Human-associated microorganisms are ideal models to study the impact of environmental changes on species evolution and adaptation. The yeast Brettanomyces bruxellensis is a good example of organism facing anthropogenic-driven selective pressures. It is associated with fermentation processes in which it can be considered either as a spoiler (e.g. winemaking, bioethanol production) or as a beneficial microorganism (e.g. production of specific beers, kombucha). Besides its industrial interests, noteworthy parallels and dichotomies with Saccharomyces cerevisiae propelled B. bruxellensis as a valuable complementary yeast model. In this review, we emphasize that the broad genetic and phenotypic diversity of this species is only beginning to be revealed. Population genomic studies have revealed the co-existence of auto- and allotriploidization events with different evolutionary outcomes. The various diploid, autotriploid and allotriploid subpopulations are associated with specific fermented processes, suggesting independent adaptation phenomena to anthropized environments. Phenotypically, B. bruxellensis is renowned for its ability to metabolize a wide variety of carbon and nitrogen sources, which may explain its ability to colonize already fermented environments showing low-nutrient contents. Several traits of interest could be related to adaptation to human activities (e.g. nitrate metabolization in bioethanol production, resistance to sulphite treatments in winemaking). However, phenotypic traits are insufficiently studied in view of the great genomic diversity of the species. Future work will have to take into account strains of varied substrates, geographical origins as well as displaying different ploidy levels. Finally, we discuss the characteristics of B. bruxellensis which may prove to be of wider interest in future research.

Brettanomyces bruxellensis is described as a wine spoilage yeast with many mainly strain-dependent genetic characteristics, bestowing tolerance against environmental stresses and persistence during the winemaking process. Thus, it is essential to discriminate B. bruxellensis isolates at the strain level in order to predict their stress resistance capacities. Few predictive tools are available to reveal intraspecific diversity within B. bruxellensis species; also, they require expertise and can be expensive. In this study, a Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) adapted PCR method was used with three different primers to discriminate 74 different B. bruxellensis isolates. High correlation between the results of this method using the primer OPA-09 and those of a previous microsatellite analysis was obtained, allowing us to cluster the isolates among four genetic groups more quickly and cheaply than microsatellite analysis. To make analysis even faster, we further investigated the correlation suggested in a previous study between genetic groups and cell polymorphism using the analysis of optical microscopy images via deep learning. A Convolutional Neural Network (CNN) was trained to predict the genetic group of B. bruxellensis isolates with 96.6% accuracy. These methods make intraspecific discrimination among B. bruxellensis species faster, simpler and less costly. These results open up very promising new perspectives in oenology for the study of microbial ecosystems.

Depuis quelques années, avec une prise en compte notoire chez tous les acteurs de la filière au sens large – des producteurs aux consommateurs, en passant par la puissance publique –, les questions environnementales et sanitaires sont devenues des enjeux dans le monde de la vigne et du vin. La limitation continue des intrants, les règlementations favorisant l'agriculture bio, le développement de recherches pour des pratiques "durables" ou encore l'explosion du phénomène des vins « nature » sont autant de transformations contemporaines illustrant l'emprise d'un contexte règlementaire, politique, commercial et culturel propre à générer des mutations dans les pratiques en cave et aux champs. Or, si les notions de protection environnementale ou de durabilité évoquées dans notre XXIe siècle restent des problématiques toutes récentes, les questions de santé publiques liés à la production vitivinicole s'inscrivent dans des processus historiques plus longs et que nous évoquerons pour l'ensemble du grand XXe siècle. Le XXe siècle est en effet une période qui a connu de nombreuses innovations techniques et scientifiques, tel est le cas en œnologie, notamment dans les méthodes d’analyses en laboratoire et l’évolution du matériel, dans la compréhension des phénomènes chimiques et biologiques, dans les process ou encore la dégustation et les pratiques culturales. C'est tout ainsi particulièrement à partir du dernier quart du XIXe siècle que nous assistons à l'émergence d'un mouvement d'ampleur associant ces mutations techniques à la naissance de règlementations sanitaires sur la vigne et le vin. Avec à la crise phylloxérique, face aux problèmes d'approvisionnement en raisins, nous assistons en effet au développement sans précédent des vins dits "artificiels" ou "sophistiqués". Ces vins, obtenus par l'ajout de nombreuses substances chimiques ou par des procédés visant à remplacer les moûts frais de raisin, posent rapidement des questions de santé publique. Or, comme le montre bien l'historien Alessandro Stanziani, c'est dans ce contexte, qu'une nouvelle expertise scientifique visant à mesurer l'impact de ces substances chimique sur la santé, tend à pénétrer les pratiques administratives et politiques. Ainsi, découlent diverses règlementations visant à protéger le consommateur en interdisant l’utilisation de certains produits (mercure, acide sulfurique ou encore vinages abusifs et plâtre sont ainsi bannis des caves) mais également de plusieurs pratiques techniques. Pour autant, si dès 1889, la loi Griffe défini officiellement le vin comme le produit issu exclusivement de la fermentation du raisin frais, ce produit fabriqué, parfois industriellement, continue durant tout le XXe siècle à poser question au sujet de son impact sanitaire sur le consommateur puis, tardivement, sur les producteurs. Ainsi, dans cette communication, nous proposons de montrer comment le corps médical, les pouvoirs publics, les consommateurs ou, parfois même les producteurs, ont interrogés les risques sanitaires liés aux pratique culturales et œnologiques au cours du XXe siècle ? En effet, si de nombreux travaux ont déjà évoqués l'existence d'une propagande acharnée associant consommation de vin et effets bénéfiques sur la santé du buveur, l'inverse reste à explorer. Dans quelles mesures les mondes médicaux et scientifiques parviennent-t-ils à provoquer des changements dans les pratiques vitivinicoles ? Quels impacts scientifiques et techniques possèdent les règlementations vitivinicoles françaises puis, dès les années 1970, européennes dans le domaine sanitaire ? Ou plus simplement, quels vins doit-on considérer comme « bon » ou surtout, comme « néfastes » pour le corps humain selon les périodes ? Afin de répondre à ces questionnements et d'en mettre en valeur les phases chronologiques marquantes, nous nous appuierons sur des entretiens semi-directif avec le monde scientifique ; sur des études de la littérature vitivinicole technique du XXe siècle, en particulier les productions scientifiques issues des différentes revues agricoles et œnologiques de cette période ; mais également sur la documentation produite par le monde médical intéressé par la question pendant la période étudiée. Le croisement de ces sources permettra ainsi de comprendre la mise en place des différentes règlementations vitivinicoles d’abord en France puis à l’échelle de l’Europe. A l'aide de ces sources, nous montrerons dans un premier temps comment, dès le début du XXe siècle, certaines recommandations et études médicales cherchent - en distinguant les vins selon leurs origines et/ou leurs modes de fabrication - à en déterminer les effets « bénéfiques » ou « nuisibles » sur la santé. Dans un second temps, nous reviendrons sur la place et l'évolution de la recherche vitivinicole et les questionnements posés tout au long du siècle au sujet des intrants en vignes et en cave, dans ce contexte de préoccupations sanitaires grandissantes. Enfin, au regard de ces mutations techniques et de ces prescriptions médicales, nous appréhenderons les différentes initiatives sanitaires/environnementales prises par les pouvoir publics en France puis à l’échelle de l’Europe institutionnelle, dans un contexte d'affirmation des sociétés vitivinicoles, de stabilisation des marchés, de mise aux normes et de suivi des productions. Durant cet exposé, afin de mieux marquer les ruptures chronologiques à l'œuvre, nous garderons comme fil rouge la problématique transversale du soufre comme additif au vin. Cette question est d'une actualité brulante, traversant en effet tout le siècle. Cette communication se propose, au final d’éclairer la dynamique de modernisation des mondes du vin et de l'évolution de ce produit au XXe siècle, sous l'angle particulier et inédit à l'échelle nationale, d'une histoire technique, scientifique, médicale et sanitaire de la vitiviniculture.

Chardonnay wine malolactic fermentations were carried out to evaluate the chemical transfers occurring at the wood/wine interface in the presence of two different bacterial lifestyles. To do this, Oenococcus oeni was inoculated into must and wine in its planktonic and biofilm lifestyles, whether adhering or not to oak chips, leading to three distinct enological conditions: (i) post-alcoholic fermentation inoculation in wine in the absence of oak chips, (ii) post-alcoholic fermentation inoculation in wine in the presence of oak chips, and (iii) co-inoculation of both Saccharomyces cerevisiae and O. oeni directly in Chardonnay musts in the presence of oak chips. Classical microbiological and physico-chemical parameters analyzed during the fermentation processes confirmed that alcoholic fermentation was completed identically regardless of the enological conditions, and that once O. oeni had acquired a biofilm lifestyle in the presence or absence of oak, malolactic fermentation occurred faster and with better reproducibility compared to planktonic lifestyles. Analyses of volatile components (higher alcohols and wood aromas) and non-volatile components (Chardonnay grape polyphenols) carried out in the resulting wines revealed chemical differences, particularly when bacterial biofilms were present at the wood interface. This study revealed the non-specific trapping activity of biofilm networks in the presence of wood and grape compounds regardless of the enological conditions. Changes of concentrations in higher alcohols reflected the fermentation bioactivity of bacterial biofilms on wood surfaces. These chemical transfers were statistically validated by an untargeted approach using Excitation Emission Matrices of Fluorescence combined with multivariate analysis to discriminate innovative enological practices during winemaking and to provide winemakers with an optical tool for validating the biological and chemical differentiations occurring in wine that result from their decisions.

In each winegrowing region, the winegrower tries to value its terroir and the oenologists do their best to produce the best wine. Thanks to new remote sensing techniques, it is possible to implement a segmentation of the vineyard according to the qualitative potential of the vine stocks and make the most of each terroir to improve wine quality. High resolution satellite images are processed in several spectral bands and algorithms set-up specifically for the Oenoview service allow to estimate vine vigour and a heterogeneity index that, used together, directly reflect the vineyard oenological potential. This service is used in different terroirs in France (Burgundy, Languedoc, Bordeaux, Anjou) and in other countries (Chile, Spain, Hungary and China). From this experience, we will show how remote sensing can help managing vine and wine production in all covered terroirs. Depending on the winegrowing region and its specificities, its use and results present some differences and similarities that we will highlight. We will give an overview of the method used, the advantage of implementing field intra-or inter-selection and how to optimize the use of amendment and sampling strategy as well as how to anticipate the whole vineyard management.