Research Institute for Aquaculture No1

The Mekong river estuaries play a crucial role as a breeding ground for shrimp and various other valuable aquatic species. However, the scientific understanding of shrimp assemblages in this area remains limited. Therefore, the objective of this research is to investigate the density and biomass of the rough river shrimp Macrobrachium equidens, a highly valuable shrimp species in terms of nutrition and economy, in three Mekong river estuaries: Co Chien, Ham Luong, and Cua Dai. Additionally, environmental parameters were measured to assess their interactions with shrimp distributions. The results indicated that Cua Dai had the highest total density and biomass, followed by Ham Luong and Co Chien. However, the density and biomass of the rough river shrimp did not show significant variations among the estuaries but rather differed based on the salinity gradient. Salinity emerged as the primary factor influencing shrimp distribution. This study provides fundamental ecological data on the rough river shrimp, contributing to conservation efforts and sustainable exploitation in the future.

Aeromonas spp. are commonly found in the aquatic environment and have been responsible for motile Aeromonas septicemia (MAS) in striped catfish, resulting in significant economic loss. These organisms also cause a range of opportunistic infections in humans with compromised immune systems. Here, we conducted a genomic investigation of 87 Aeromonas isolates derived from diseased catfish, healthy catfish and environmental water in catfish farms affected by MAS outbreaks in eight provinces in Mekong Delta (years: 2012-2022), together with 25 isolates from humans with bloodstream infections (years: 2010-2020). Genomics-based typing method precisely delineated Aeromonas species while traditional methods such as aerA PCR and MALDI-TOF were unable identify A. dhakensis. A. dhakensis was found to be more prevalent than A. hydrophila in both diseased catfish and human infections. A. dhakensis sequence type (ST) 656 followed by A. hydrophila ST251 were the predominant virulent species-lineages in diseased catfish (43.7 and 20.7 %, respectively), while diverse STs were found in humans with bloodstream infections. There was evidence of widespread transmission of ST656 and ST251 on striped catfish in the Mekong Delta region. ST656 and ST251 isolates carried a significantly higher number of acquired antimicrobial resistance (AMR) genes and virulence factors in comparison to other STs. They, however, exhibited several distinctions in key virulence factors (i.e. lack of type IV pili and enterotoxin ast in A. dhakensis), AMR genes (i.e. presence of imiH carbapenemase in A. dhakensis), and accessory gene content. To uncover potential conserved proteins of Aeromonas spp. for vaccine development, pangenome analysis has unveiled 2202 core genes between ST656 and ST251, of which 78 proteins were in either outer membrane or extracellular proteins. Our study represents one of the first genomic investigations of the species distribution, genetic landscape, and epidemiology of Aeromonas in diseased catfish and human infections in Vietnam. The emergence of antimicrobial resistant and virulent A. dhakensis strains underscores the needs of enhanced genomic surveillance and strengthening vaccine research and development in preventing Aeromonas diseases in catfish and humans, and the search for potential vaccine candidates could focus on Aeromonas core genes encoded for membrane and secreted proteins.

The paper presents an extensive fish sampling dataset spanning a long-term period from 2010 to 2019. The data were collected in Lenta Marina, an upstream area in the Minho Estuary of the NW Iberian Peninsula, which belongs to a LTSER (Long-Term Socio-Ecological Research) platform. To capture fish, fyke nets were utilised as the sampling method and deployed at Lenta Marina. This dataset offers valuable insights into the abundance of each collected taxa recorded over time. The dataset reports a comprehensive compilation of data on the abundance of fish species observed in the area during the sampling period (includes zeroes when a given taxonomic entity was absent in a given sampling event). It provides a detailed record of the abundances of the fish community through time in a frequent sampling regime (on average, sampling was done every 6 days). The dataset shows that the amount of fish from invasive taxa exceeds the count of fish from native taxa in the Minho Estuary.

Nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá một số thông số di truyền của cá rô phi vằn (Oreochromis niloticus) chọn giống thế hệ thứ 5 nuôi trong môi trường nước lợ mặn có độ mặn từ 15-20‰ tại Trung tâm Quốc gia giống Hải sản miền Bắc, Viện nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản 1. Phương pháp chọn giống được sử dụng để tạo ra đàn cá rô phi vằn thế hệ năm là kết hợp giữa phương pháp chọn lọc gia đình và chọn lọc cá thể. Các thông số di truyền được ước tính bằng thuật toán mô hình tuyến tính kết hợp trong phần mềm ASReml 4.0. Kết quả đánh giá các thông số di truyền về tính trạng khối lượng của 100 gia đình gồm 6.018 con cá thả ban đầu cho thấy, số cá thu được sau thời gian nuôi thương phẩm là 4.294 con, đạt tỷ lệ sống 71,3%; hệ số di truyền của cá thế hệ thứ 5 đạt 0,58; cường độ chọn lọc là 20,3%; hiệu quả chọn giống 8,5% và tốc độ sinh trưởng tăng thêm so với thế hệ thứ 4 là 5,5%. Kết quả nghiên cứu này đã mở ra triển vọng đối với việc tiếp tục nghiên cứu chọn giống cá rô phi vằn trong môi trường nước lợ mặn ở các thế hệ tiếp theo trong những năm tới.

Nghiên cứu được thực hiện nhằm tìm ra mật độ phù hợp cho ương ấu trùng hàu Bồ Đào Nha (Crassostrea angulata). Thí nghiệm được thực hiện với 3 nghiệm thức mật độ là: 3, 5 và 8 ấu trùng/ml, mỗi nghiệm thức được bố trí lặp lại 3 lần. Thí nghiệm được thực hiện trong 30 ngày. Thức ăn được sử dụng cho ấu trùng hàu bao gồm 03 loài tảo với tỷ lệ: 1/3 Isochrysis galbana + 1/3 Chaetoceros calcitrans + 1/3 Nannochloropsis oculata, với mật độ 104 đến 1,6x104 tế bào/ấu trùng/ngày, tùy theo kích cỡ và mật độ ương. Sau 30 ngày thí nghiệm, tỷ lệ sống của ấu trùng hàu Bồ Đào Nha từ giai đoạn ấu trùng chữ D đến chân bò đạt tỷ lệ sống cao nhất ở nghiệm thức có mật độ 3 ấu trùng/ml là 31,18 ± 1,22% và nghiệm thức có mật độ 5 ấu trùng/ml là 31,37 ± 1,71% nhưng cao hơn đáng kể so với nghiệm thức ương ở mật độ 8 ấu trùng/ml (23,33 ± 1,67%; P <0,05). Mật độ ương 5 ấu trùng/ml là phù hợp cho ương ấu trùng hàu Bồ Đào Nha từ giai đoạn ấu trùng chữ D đến ấu trùng chân bò nhằm đạt được hiệu quả tốt nhất trong ương ấu trùng hàu ở các trại giống hàu tại Việt Nam.