Description of the subject. This paper discusses the influence of amplicon length on real-time PCR results. Objectives. The aim of the experiments was to show that amplicon size has an influence on detection. Method. Tests were performed on genomic and plasmid DNA. Double-dye probes and SYBR® Green were used for detection by real-time PCR. Primers were selected in order to produce fragments with increasing sizes. Experiments dealt with two targets: an endogenous target for soybean (part of the lectin gene) and a transgenic target (junction P35S-CTP of the MON40-3-2 soybean). Results. The results show that the kinetics of amplification curves evolve as a function of amplicon length, and smaller amplicons yield a higher level of fluorescence for the plateau phase. DNA degradation within the sample as well as the principles of fluorescence acquisition as a function of the chemistry used can also be factors. Conclusions. It was experimentally shown that the observed effect is linked to the suboptimal elongation temperature used in real-time PCR. Detection using SYBR® Green is less impacted as the loss of efficiency is partially compensated by the greater integration of SYBR® Green molecules in the larger fragments.

Description of the subject. The implementation of sensor based decision support in commercial dairy herds is highly dependent on having reliable systems. Problems with sensors give missing and noisy data hampering their use. Also, the presentation of results needs to be in a form which is simple and useful. These issues were addressed using a mastitis sensor and decision support as example. Objectives. This study aims at providing and evaluating a modular system applicable to the pipeline from sensor to decision support. Method. The case of mastitis was chosen as it is of economic importance and also affects welfare of cows, and because we have worked with a commercial sensor. The problems with sensors causing missing data and noise are described and a range of filtering and monitoring modules are shown to be important to make systems functional for herd management purposes. On top of this a solid method needs to be used to interpret and present data to end users, in terms of easy to read categories. Results. Filtering and pre-adjustments of raw data are important in making algorithms robust and reliable for daily use. Re-definition of traits is needed going from traditional few groups to continuous definitions, and then to new action oriented health classes. Also, for this case focusing on mastitis, assignment to “permanently sick” groups can be helpful in keeping focus on new acute cases. Conclusions. The combined use of filtering, fix-up routines and time series models leading into action oriented categories is needed to provide simple and robust decision support. The systems may be vastly improved by opening for transmission of data between user groups and to common databases – also with a few to use data in genetic selection.

Description du sujet. Cet article vise à caractériser la matière grasse de lait cru ovin collecté localement en milieu steppique algérien, très apprécié pour la production du smen (beurre traditionnel). Objectifs. L’objectif de cette étude consiste à étudier le profil en acides gras libres et en cholestérol ainsi que les indices lipidiques du lait cru ovin issu de deux races locales algériennes (Ouled-Djellal et Rumbi). Méthode. Le lait est collecté à un stade moyen de lactation auprès de 20 brebis de chaque race. La matière grasse est extraite selon la méthode Rose-Gotllieb. Les proportions en acides gras (AG) libres majeurs sont déterminées par chromatographie en phase gazeuse. Résultats. Les acides palmitique (24,4 % ± 3,3), oléique (24,2 % ± 4,6), stéarique (10,8 % ± 3,5), myristique (10,4 % ± 1,9) et caprique (8,3 % ± 3,5) représentent la majorité des acides gras présents en totalisant 78,1 % des AG totaux. Les proportions en AG saturés sont plus importantes que celles des AG insaturés (69,6 % ± 5,3 vs 30,8 % ± 5,1). Les AG monoinsaturés l’emportent sur les polyinsaturés (26,3 % ± 4,7 vs 4,5 % ± 1,1). Le lait de la race Ouled-Djellal est plus riche (p < 0,05) en AG à chaine courte que celui de la race Rumbi. Ce dernier est plus riche en AG à chaine moyenne, bien que la différence ne soit significative que pour les acides palmitique et palmitoléique (p < 0,05). Parmi les AG à chaine longue, seuls les acides stéarique (10,88 % ± 2,83 vs 12,34 % ± 2,75 ; p < 0,01) et arachidique (0,26 % ± 0,18 vs 0,35 % ± 0,09 ; p < 0,05) sont influencés par la race. Conclusions. Les résultats obtenus montrent une richesse plus élevée en AG du lait de la race Rumbi, comparativement à celui de la race Ouled-Djellal. Ce lait peut être valorisé en technologie pour fabriquer le beurre traditionnel et aussi générer une économie locale intéressante.

Introduction. Precision Livestock Farming (PLF) is spreading rapidly in intensive cattle farms. It is based on the monitoring of individuals using different kinds of sensors. Applied to grazing animals, PLF is mainly based on the recording of three parameters: the location, the posture and the movements of the animal. Until now, several techniques have been used to discriminate grazing and ruminating behaviors with accuracies over 90% on average, when compared to observations, providing valuable tools to improve the management of pasture and grazing animals. However, bites and jaw movements are still overlooked, even though they are of utmost importance to assess the animal grazing strategies for various pasture types and develop future techniques allowing better estimation of their intake. Literature. The goal of this review is to explore the possibility of monitoring the individual jaw movements and the differentiation of bites in grazing animals. For this purpose, (1) the mechanisms of forage intake in cattle are explained briefly in order to understand the movements performed by the cow, especially during grazing, (2) the various sensors that have been proposed to monitor jaw movements of ruminants such as mechanical sensors (pressure sensors), acoustic sensors (microphone) and electromyography sensors are compared and (3) finally the relationship between jaw movements, biting behavior and forage intake is discussed. Conclusions. The review clearly demonstrated the abilities of mechanical, acoustic and electromyography sensors to classify the difference types of jaw movements. However, it also indicated a wide range of accuracies and different observation windows required to reach these accuracies when compared to the observed movement. This classification purpose could lead to a better detection of more specific behavior, e.g. bite detection, and their exact location on pasture.

Description du sujet. L’article traite de la macrofaune du sol, composante clé du fonctionnement biologique du sol. Objectifs. Cette étude, réalisée en 2015, a eu pour objectif de tester l’effet de pratiques culturales et de systèmes de culture sur la macrofaune du sol dans une zone d’agriculture-élevage des Hautes-Terres de Madagascar. Cinq systèmes de culture ont été étudiés : cultures annuelles labourées annuellement avec apport de fumier modéré (LAMF) ou élevé (LAEF), cultures fourragères pérennes sans labour et avec apport de fumier élevé (CFEF), cultures annuelles en agriculture de conservation sans labour et apport de fumier modéré (ACMF) et pâturages permanents, non labourés et sans apport de fumier (PP0F). Méthode. Pour chaque système de culture, 12 parcelles d’expérimentation ou d’exploitation agricole ont fait l’objet d’un échantillonnage de la macrofaune du sol avec cinq monolithes de sol par parcelle, sur 30 cm de profondeur. Résultats. Cinquante-deux espèces d’invertébrés, classées en 15 ordres taxonomiques et 6 groupes fonctionnels, ont été identifiées. Pour les cultures annuelles sans labour, l’absence de travail du sol a favorisé la diversité taxonomique et la densité de la macrofaune, n’a pas réduit la densité des vers blancs (larves de Coléoptères Scarabeoideae) rhizophages mais a entrainé une diminution des densités de vers de terre par rapport au mode de culture fourragère. En systèmes labourés, l’intensité d’application du fumier n’a eu d’effet ni sur les vers blancs ni sur les vers de terre. Conclusions. Cette étude sur la macrofaune du sol dans cette région de Madagascar a permis de mieux percevoir les pratiques et les systèmes les plus favorables aux invertébrés utiles (comme les vers de terre) et plus défavorables aux invertébrés nuisibles (comme les vers blancs). Ceci permettra d’orienter les paysans dans la gestion de leurs terres.

Description du sujet. Cet article décrit l’effet des facteurs « période de semis » et « densité » sur la répartition des capsules parvenues à maturité sur la plante de cotonnier et sur le rendement final, en prenant des variétés contrastées pour leur port et leur précocité. Objectifs. Cette étude vise à apporter un appui aux programmes de création variétale pour la culture pluviale du coton en Afrique de l’Ouest, en comprenant comment deux facteurs clés de l’itinéraire technique modifient la mise en place de la production. Méthode. Pour réaliser cette étude, quatre essais ont été conduits sur deux sites au Bénin en 2002 et 2003 avec six variétés, trois densités de culture (42 000, 125 000, 167 000 plantes·ha-1) et deux dates de semis (juin, juillet/aout) suivant un dispositif en split-split plot. Nombre de sites fructifères, taux de rétention, production et répartition capsulaire et rendement en coton graine ont été évalués. Résultats. En semis retardé, la production de capsules est réduite et celles-ci sont concentrées sur les deux premières positions des six premières branches fructifères (BF). Les fortes densités provoquent une diminution du nombre de sites, du taux de rétention et une concentration de plus de 50 % de la production sur les premières positions des quatre premières BF. Comparées aux variétés sélectionnées en Afrique (H279-1 et Irma A1042), les variétés précoces et compactes Mar 88-214 et Chaco 520 ont une proportion de capsules mûres plus élevée dans leurs parties basses (premières positions des premières BF), mais leur rendement moyen est en général plus faible. Conclusions. La sélection pour une rétention basse élevée (RP1-2_BF1-8) peut améliorer le rendement en condition de culture maitrisée et pour les variétés les moins efficientes, mais l’optimum du taux de rétention est fonction de l’itinéraire technique et, plus généralement, des conditions de culture.